Овај храм издуженог облика се налази на Пелинској заравни - рудини, одмах уз велики храм Свете Тројице који је касније саграђен. Сматра се да је храм Светог Николе подигнут у XIV вијеку. Претпоставља се да је кроз своје вишевјековно трајање црква два пута продужавана, тако да је данас широка 5,08 метара а дуга 17,65 метара.
Велику вриједност овог храма представља сачувани живопис Димитрија Даскала из 1718.г.одине, који покрива његову цијелу унутрашњост. Највећу сликану површину заузима менолог – мјесецослов на којем је заступљена фреска за сваки дан у години, а значајна су и три фреско-натписа са подацима о живописању цркве.
Вријеме новије изградње се утврђује са натписа који је уклесан на ивици камене плоче на часној трпези, на којој је забиљежено да је поставио Војин Ђукин 10. маја 1624.године.
О данашњем храму и његовим приложницима постоје сачувани подаци на три натписа од којих се један налази у олтару, на жртвенику, као подсјетник свештенику ради њиховог помињања на служби. На друга два натписа који су на западном зиду, садржана су имена приложника и појединости о живописању овог храма. Као приложници се помињу: кнез Перо Тујковић, четворица свештеника – протопоп Шћепан Влатковић из Шишића, поп Перо Тујковић из Тујковића, поп Станиша из Пелинова, као и поп Вуко Лепавић и 104 поименице наведених приложника из Шишића, Дуба и Пелинова. На натписима се наводи да је тада пећки патријарх био кир Мојсије, а митрополит цетињски, Скендерије, Црне Горе и приморски, кир Данило.
Фрескописац Димитрије Даскал оставио је податак о себи, на западном зиду цркве наводећи да је храм сликала: ''Рука Димитрија многогрешног писара'', да је радио 800 дана на изради иконостаса и осликавању зидова, да му је плаћено 70 цекина и да га је владика Данило даривао једном златицом. На истом натпису је забиљежено да је посао завршио 20.октобра 1718.године и наведена су имена 28 оних који су се старали о изградњи храма и његовом фрескописању.
Обнова, увећање и фрескописање овог храма је отпочелоа око 1715. године од стране житеља тадашњих села: Шишића, Пелинова, Тујковића, Наљежића, Патела, Сутваре и Дуба.
На фрескама су насликане сцене Великих празника, Христовог страдања, циклус посвећен Светом Николи, циклус посвећен Богородици и Мјесецослов – Менолог са сликом за сваки непокретни празник у години. Значај овог мјесецослова је што послије његовог сликања, не постоји други сачуван у српским храмовима, осим оних који су сликани у средњовјековним црквама у XIV вијеку.
Циклус о светом Николи има 18 сцена из живота овог светитеља (Рођење, Одлазак у школу, Постаје ђакон, Постаје свештеник, Постаје епископ, Избављење три невина човјека од мача, Спасава Димитрија из мора, Избавља Василија од Сарацена, Руши храм Артемиде, Спасава три војводе, Враћа вид Светом Краљу Стефану Дечанском, Спасава Светог Петра Атонског из тамнице, Кажњава Половца, Спасава Симеона из мора, Избавља свештеника Христифора од погубљења, Спасавање из мора патријарха Атанасија, Помаже осиромашени манастир, Бди над васељеном). Посљедње од три сцене из живота патрона ове цркве не постоје или нијесу сачуване у старом живопису српске цркве.
У студији историчара умјетности Сретена Петковића ''Црква Светог Николе у Пелинову'', коју је издала Српска православна црквена општина грбаљска 2009.године, у иконографским запажањима о првој зони наоса између осталог, наводи се сљедеће:
Иконографски програм цркве Светог Николе у Пелинову, како се види из описа репертоара, веома је богат за једну цркву која је служила потребама сеоске пастве. Али то и није обичан храм, јер је доста пространији и био је заједничка задужбина кнежине за седам села. Осим тога, рађен је за натпросјечно образовану средину која је тражила да се на зидовима њиховог храма слика одређена тематика. Наручиоци су имали срећу са Димитријем, сликаром богатих теолошких знања, који је, добро плаћен, показао праву мјеру своје обдарености. У сеоским црквама XVI, XVII и XVIII века на Балкану избор светитеља из прве зоне је углавном био устаљен: сликали су се у малим скупинама свети ратници, лекари-бесребреници, монаси, свете жене, а у српским земљама и неки национални светитељи, од којих су обавезни Св. Сава Српски и Св. Симеон Српски. У пелиновском Светом Николи, међутим, већ се на први поглед уочавају битне измене што се тиче избора светитеља и њиховог распореда. Више светитеља прве зоне у осталим храмовима по правилима се не живопишу у том најуочљивом појасу: Св. Игњатије Богоносац, Пророк Илија, Св. Викентије Св. Виктор, Св. Никола Стоплник, па углавном ни св. Мина и св.Симеон Столпник. У распореду светитеља се такође показују необичности. Уз Богородицу из Деизиса на северном зиду, приказану уз сами иконостас, насликан је сСв. Игњатије Богоносац, антиохијски архиепископ коме је уобичајено место у олтарском простору. Пророк Илија, такође са северног зида, неочекивано раздваја два најпоштованија света ратника – Св. Георгија и Св. Димитрија, који се обично сликају иначе један уз другог.
У традиционално: Деизис (Христос са Богородицом и Св. Јованом Претечом) уз иконостас са обе стране, патрон храма на јужном зиду уз Христа и Јована Претечу из Деизиса, два српска светитеља Сава и Симеон, као и цар Константин и царица Јелена на западном зиду, а чувени свети монаси Теодосије Општежитељ, Антоније Велики и Јевтимије Велики на западном делу северног зида.
Необичности у избору и распоређивању светитеља насликаној у првој зони настале су по жељи ктитора. Наиме, они су очигледно тражили од сликара да сви светитељи којима су посвећени храмови у њиховим селима буду истакнути приказивањем у првој зони у пелиновском Светом Николи. То се може показати упоређивањем храмовних посвећења у тадашњих седам (данашњих пет) села, чији су житељи подигли и живописали цркву Светог Николе. Светом Јовану Претечи посвећен је храм у селу Дубу, Светом Георгију у Сутвари, Пелинову и Шишићима, Светом Димитрију у Наљежићима, Светом Илији у Наљежићима, Светој Госпођи у Наљежићима и Шишићима, Светом Николи у Пелинову, Светом Мини, Светом Стефану Дечанском, Светом Викентију и Светом Виктору у Шишићима, Светој Варвари (Вари) у Сутвари. На територији некадашње кнежине сада нема цркве посвећене св. Григорију Богоносцу. Међутим, данашња црква Светог Илије у Наљежићима била је првобитно посвећена св. Григорију Богоносцу, а тек потом је променила свога патрона. Према томе, почетком XVIII века, и лик св. Григорија Богослова сликан је по жељи верника – ктитора из Наљежића на истакнутом месту, у првој зони у пелиновском светом Николи. Од тринаест постојећих храмова у кнежини Тујковић почетком XVIII века једино патрони цркве Светог Петра и Свете Неђеље у Пелинову нису приказани међу светитељима прве зоне у цркви Светог Николе. Разлог би могао бити да су та два храма подигнута после 1718. године, јер им се не зна тачно време подизања, или што црква Свете Недјеље (Неђеље) тада није припадала кнежини Тујковић, јер се и данас налази у катастарској општини Пријеради.
У првој зони на сјеверном пиластру цркве Светог Николе сасвим је изузетно представљен лик Св. Никите Столпника, руског преподобног из XII века из Перејаславља. Његов лик се у српском сликарству ни на једном другом месту не може наћи.
Доста је неуобичајено да је у Поклоњењу агнецу на олтарском простору сликан један од архијереја – Св. Григорије Богослов, непосредно уз часну трпезу, уместо св. Јована Златоустог.
У првој зони храма насликана су и три домаћа светитеља – Сава, Симеон и Стефан Дечански. Свети Сава Српски и његов отац Свети Симеон Српски, приказани су устаљено на западном зиду, од старијих представа разликују се само наглашенијим брадама и сликањем Светог Саве одевеног у сакос, а не у полиставрион.
Свети Стефан Дечански, у владарској одори, постављен је промишљено између Светог Николе и Светог Мине. Уз Светог Николу је доспео стога што му је овај вратио вид, те је то дело мириликијског светитеља унето међу остала његова чуда. Са друге стране, успомена на Светог Стефана Дечанског се слави 11. новембра по старом календару када се прославља и Св. Мина Египатски заједно са Св. Викентијем и Св. Виктором. Ова четворица светитеља приказују се заједно и стога што је црква Св. Мине у Шишићима посвећена не само Св. Мини, већ и архиђакону Викентију и светом ратнику Виктору, па и Св. Стефану Дечанском, који се слави под именом Светог Мрате.
На крају јужног зида, мало стешњен, насликан је и Св. Симеон Столпник) слави се 1. септембра по старом календару). Како то није уобичајено место за столпнике – стилите, вероватно су на избор овог светитеља да буде насликан утицали неки приложници из села Шишића и Наљежића који су славили Св. Симеона Столпника.
И сам распоред приказаних светитеља у првој зони показује да су ктитори бдили над тим које ће место заузети светитељи – њихови заштитници. Свети Игњатије Богоносац, кућна слава породице Тујковић, насликан је непосредно уз Богородицу из Деизиса, а Свети Мина, Стефан Дечански, Викентије и Виктор, патрони највеће шишићке цркве, приказани су крај патрона храма Светог Николе, са чије је друге стране живописан Св. Јован претеча из Деизиса. Исто тако постоји разлог што Пророк Илија раздваја Светог Григорија од Светог Димитрија. У то доба цркви у Тујковићу, посвећеној Светом Игњатију Богоносцу, послужбица је био Свети Илија. Тек касније ће патрон храма и послужбица заменити своја места''.
Данас се нажалост у близини храма налази велики каменолом који угрожава веома драгоцјен фрескопис, због којег су неке фреске почеле да пропадају.